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XML JATS Redalyc en R2020

Un modelo, miles de editores, múltiples plataformas.

Pensando más allá del formato en papel y del PDF

Desde que en el siglo XVII se crearon las primeras revistas científicas en Europa, como la Journal des Scavants de Francia (5 de enero de 1665) y la Philosophical Transactions de la Royal Society en Inglaterra (6 de marzo de 1665), hasta nuestros días, han sido muchos los cambios que ha experimentado el quehacer científico, desde la forma como trabajan los investigadores hasta el medio empleado para la publicación de sus resultados.

Tradicionalmente, los equipos editoriales de las revistas científicas realizaban sus actividades en torno a la publicación en papel, por lo tanto los recursos que los autores de un artículo podían utilizar para exponer su investigación y resultados se reducía únicamente a texto e imágenes, que en muchos casos eran limitados por las normas editoriales de la revista, ya que los números tenían una cantidad máxima de páginas para mantener los costos de impresión ajustados al presupuesto de la revista. Además, en muchos casos las imágenes debían ser diseñadas de manera que se entendieran en blanco y negro, ya que nuevamente los costos de impresión eran mayores cuando se deseaba publicar algún contenido del artículo científico usando colores.

Estas situaciones fueron superadas por parte de las revistas científicas en las últimas dos décadas cuando surge la posibilidad de publicar en la Web, haciendo uso de formatos electrónicos tales como el HTML o PDF, siendo este último el formato que mayor auge ha tenido en la publicación del contenido de las revistas científicas, por lo que gran parte de los equipos editoriales dejaron de pensar en la versión en papel para pasar a la versión digital. No obstante, el PDF sigue manteniendo la desventaja de no permitir el uso de todos los elementos que brinda la publicación electrónica, como por ejemplo la incorporación de un video, audio o los datos completos como parte del contenido del artículo científico, que es de gran utilidad no sólo como aspecto estético o únicamente superficial, sino que empleado de forma correcta puede llegar a fortalecer y respaldar en gran medida los resultados obtenidos por la investigación realizada.

Es por esto que, si los equipos editoriales de las revistas científicas entienden el valor que tiene el archivo XML JATS (estándar desde 2012) para fortalecer su publicación electrónica, pueden hacer uso de muchos de los recursos disponibles, que va más allá del uso exclusivo de texto e imágenes, como por ejemplo las animaciones (GIF animados) que disminuyen la cantidad de gráficos y le pueden dar “vida” a las series de tiempo, logrando que sea más comprensible el argumento que el autor desea exponer a sus lectores.

Un caso particular lo representa el equipo editorial de la revista Estudio sobre las Culturas Contemporáneas indexada en Redalyc.org, quienes han entendido la importancia del uso de los recursos electrónicos disponibles en el modelo de publicación basado en el XML JATS, como soporte al resultado de una investigación científica y ha puesto a disposición de sus lectores la posibilidad de escuchar el audio de una partitura, que en el caso de un PDF sólo se pudieran publicar como una imagen. Lamentablemente, es reducida la cantidad de lectores que tienen el conocimiento para interpretar o entender una partitura. Además, les permite a los autores de los artículos hacer uso de muchos más elementos como respaldo a su discurso científico. Esto demuestra cómo se puede fortalecer una revista científica que entiende las posibilidades que le brinda la publicación electrónica basada en el XML JATS.

Consulte el artículo aquí: https://www.redalyc.org/jatsRepo/316/31655797002/index.html

Entrada destacada

Marcalyc | Versión 2.0.15

Redalyc continúa mejorando la herramienta de marcación XML JATS #Marcalyc, ofrecida sin costo alguno a las casi 1,415 revistas científicas que indexa.

De acuerdo a sus más recientes actualizaciones, hasta marzo de 2021, Marcalyc presenta las siguientes características:

– Se agrega la posibilidad de que el usuario indique la paginación electrónica.

– Se cambia la lógica en la decisión de usar el modelo de PDF Riga o Upsala, ahora se realiza para todos los números de la revista y no por artículo.

– Se actualiza la generación del XML para SciELO al esquema v1.9.

– En los productos de visualización para los artículos tipo reseña, no es obligatorio incluir la imagen de la portada.

– Se permite desplazar y colapsar los grupos de referencias.

– Se incrementó el límite del tamaño máximo del PDF original del artículo que se sube a Marcalyc.

– Corregidos problemas en:

  • Descarga del archivo usado en la importación de los productos de la marcación al OJS.
  • La etiqueta <sc> (versalita) que en ocasiones se duplicaba.
  • Estilos en el visor, visor móvil y PDF.
  • La versión traducida de Marcalyc.
  • Traducción del contenido de las etiquetas XML.
  • Información en los productos.
  • La finalización de los números de publicación continua.
  • Iconos de las licencias Creative Commons que se visualizan en los visores.

– Se agrega estilo en los encabezados de las tablas, tanto para los visores como en el XML.

– Se realiza la validación para que en las referencias de tipo Revista (journal), sea obligatorio marcar el título del artículo (<article-title>).

– En el XML de un artículo tipo reseña, se agrega el vínculo (<xref>) en la imagen de la portada.

– Se realizan mejoras en la ventana del Asistente de Inferencia de las referencias.

– Se corrigen fallas en el botón que permite eliminar una sección cuando se está creando o editando la información de un número.

– En el XML se agrega la etiqueta para el título (<title>) en el agradecimiento (<ack>).

– En el PDF se agrega el metadato que describe a la licencia Creative Commons.

– Se separan las etiquetas para el Comentario y URL en la marcación de una referencia, de manera que en el XML se pueda separar el contenido.

– Se corrigen fallas en la asignación de los enlaces externos en el elemento URL de la pestaña<referencias/apéndices/>.

– En los visores se habilita la visualización de caracteres en Japonés.

– Se actualiza la visualización de los datos principales de la revista en los visores.

– En los visores se agrega la periodicidad de la revista.

– En los visores se actualizan las rutas de los logos de la revista y de la institución que se visualizan en la cabecera y el logo de Redalyc en el pie de página.

– En los visores se corrigen los enlaces hacia los otros productos de visualización.

– En los PDF generados a partir de la marcación, se agrega la paginación, tanto para impresión como la electrónica.

– En el HTML se ajusta el tamaño de los logos para que respete ciertas medidas estándar.

– Se muestra el contenido completo de los resúmenes en la cortinilla del visor.

– En el HTML descargable se agregan los logos de la identificación del autor (<contrid-id>), como por ejemplo el de ORCID.

– Se actualiza la dirección URL para los identificadores tipo ORCID.

– Se habilita la posibilidad de agregan estilos en la información del autor de correspondencia (<corresp>).

– Se corrige la dimensión de la página del HTML descargable.

– Se elimina la previsualización de las licencias Creative commons en el visor.

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Optimizando los productos de visualización generados por Marcalyc

Con la finalidad de mejorar los productos generados a partir del XML JATS obtenido de la marcación realizada con Marcalyc, se agregó la paginación a los PDF, ya sea para una versión impresa usando las etiquetas <fpage> y <lpage> o para la paginación electrónica usando la etiqueta <elocation-id>.

Con esta mejora en los productos de visualización de los artículos científicos, se atiende una solicitud realizada por los editores de las revistas científicas indexadas en Redalyc.org, que generan sus PDF a partir de Marcalyc, ya que no es necesario que editen estos archivos para completar la información sobre la paginación que desean visualizar, además de hacer un uso más eficiente de los datos marcados.

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El XML JATS como herramienta de inclusión y consolidación de las revistas de Centroamérica

El modelo de publicación científica de Latinoamérica se ha caracterizado por ser de Acceso Abierto y propiedad de la academia. No obstante, es una región que posee una participación y contribución desigual al diálogo científico, debido a que algunos países son dominantes y concentran los mayores porcentajes de participación.

Con la finalidad de contribuir a mejorar esta situación, la Universidad Autónoma del Estado de México a través de Redalyc y AmeliCA y en colaboración con la Universidad de Panamá, han desarrollado la Colección Digital de Revistas Académicas de AmeliCA – Centroamérica, que tiene como objetivos dar visibilidad, posicionar y fortalecer los procesos editoriales de las revistas científicas de Centroamérica, ya que se ha observado que esta región posee baja participación en los sistemas de indexación y difusión de la información académica y científica.

Una de las principales ventajas de la Colección Digital de Revistas Académicas de AmeliCA – Centroamérica es que hace uso de la tecnología de publicación basada en el XML JATS que permite que todas las revistas de la colección publiquen los mismos productos de lectura que se generan a partir del XML JATS obtenido de la marcación, así cada artículo publicado en las revistas de la colección se puede consultar en diferentes formatos según las necesidades o preferencias del usuario: PDF, HTML, ePub, visor para computadoras o visor para dispositivos móviles o tabletas inteligentes.

Además, el XML JATS proporciona los metadatos adecuados para que las revistas que conforman la Colección Digital de Revistas Académicas de AmeliCA – Centroamérica sean recuperadas por buscadores e indexadores, lo que contribuye a la integración y mejor posicionamiento de estas revistas en el diálogo científico regional y mundial, garantizando su inclusión y consolidación.

Consulte la Colección Digital de Revistas Académicas de Centroamérica aquí: http://regions.amelica.org/centroamerica

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Colección Semántica de Conocimiento Ancestral de revistas en Redalyc

Una vez más la base de datos de Redalyc.org permite construir la Colección Conocimiento Ancestral, haciendo uso de técnicas de semántica computacional a través de algoritmos que manejan miles de artículos y que permiten extraer de los datos información con significado relativo a las temáticas conocimiento indígena, pueblos y culturas indígenas, lenguas nativas, agricultura ancestral, entre otros.

El XML JATS contribuye a identificar todo el contenido de los artículos científicos publicados en las revistas que indexa Redalyc.org, aportando una estructura coherente de los datos para asegurar que los análisis realizados tienen un fundamento sólido.

Consulta la base aquí: http://semantic.redalyc.org/conocimientoancestral/#/home

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Base de conocimiento en epidemias/pandemias de revistas en AmeliCA/Redalyc

Ante una contingencia mundial de salud, se refrenda la vital función del Acceso Abierto: llevar el conocimiento a todos los rincones del mundo, permitir que la ciencia sea accesible rápida y oportunamente para que su contribución se refleje en la mejora de la calidad de vida humana, en salvar vidas y en el desarrollo de una mejor sociedad para todos. Iniciativas de Acceso Abierto como Redalyc UAEM desde hace 18 años trabajan con ese objetivo.

Hoy, la alianza con AmeliCA/Redalyc refrenda su compromiso con el Acceso Abierto y sigue desarrollando tecnología la cual aplica ahora a la diseminación semántica de los artículos publicados en temáticas de interés en epidemiología, pandemias y temas relacionados. Ello permitirá difundir y poner a disposición más de 6 mil artículos en formato de Linked Open Data (LOD) para que sean procesados e interconectados en la nube del conocimiento LOD y ofrecer al usuario lector servicios de navegación y descubrimiento temático para la consulta de los textos completos de este conjunto de datos.

Consulta la base aquí: http://semantic.redalyc.org/epidemics/

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Preguntas frecuentes Marcalyc

  1. ¿Cómo se genera el archivo index.html de cada artículo?

Se puede generar usando el software Microsoft Word©, Adobe InDesign©, Adobe Illustrator© o cualquier otro que utilice la revista para generar la versión final de los artículos. Puede consultar el procedimiento detallado en la sección: 3. Preparación de los archivos para la marcación del Manual de usuario.

2. ¿Qué debe contener el ZIP que se carga en el sistema?

El ZIP debe contener la versión final del artículo en formato HTML, con codificación UTF-8, solo un archivo con el nombre index.html y un tamaño máximo de 4 MB. Además, se puede adjuntar la carpeta que contiene las imágenes del artículo, por ejemplo index_archivos o index_resources.

3. ¿Cuál es el tamaño máximo de las imágenes?

1 MB.

4. ¿Puedo subir todas las imágenes a la vez o debe ser una por una?

Marcalyc permite subir más de una imagen a la vez a la galería.

5. ¿Se puede descargar el HTML que genera Marcalyc y usarlo en la plataforma OJS de la revista?

Sí se puede descargar, como cualquier archivo HTML. Al hacerlo Marcalyc generará el nombre del documento HTML y una carpeta del mismo nombre. La forma de cargarlo a la plataforma OJS la determinará la configuración de la misma, la cual permite subir archivos de este tipo. También puede usar el plug-in de exportación de los productos de la marcación al OJS, el cual se activa al marcar todos los artículos del número.

6. ¿Hay forma de automatizar el “enlace interno” de las citaciones con las referencias, para no hacerlo manualmente?

Sí, usando el asistente de Inferencias de citas, el cual realiza los enlaces internos en las citas de las referencias, llamados a notas, tablas, figuras y ecuaciones. También se hace automáticamente el enlace externo en las direcciones URL, siempre y cuando usen el prefijo adecuado (http://, https://, entre otros).

7. ¿Cuánto tiempo debo esperar desde que se marca completamente un número hasta que sale publicado en Redalyc con el nuevo home de la revista?

El tiempo estimado para que Redalyc ponga en línea un número marcado es de 3 semanas aproximadamente. En este tiempo personal de Redalyc hará una revisión de la marcación y la actualización del acervo de la revista en el portal.

8. ¿Se le puede asignar automáticamente el enlace al DOI del artículo?

Si usted marcó una clave DOI, en el visor inteligente aparecerá su clave DOI con el vínculo correspondiente.

9. ¿Por qué debo descargar los XML JATS4R? ¿Cuál es su importancia?

El formato XML JATS4R puede considerarse como un documento de preservación digital de un artículo científico. Aparte de que permite ser enviado, garantizando su compatibilidad, a cualquier sistema científico de publicación que esté utilizando el estándar JATS, puede además ser considerado el archivo de respaldo por excelencia, ya que perdurará incluso más que un documento PDF, debido a que contiene el texto puro sin ningún estilo o formato que puede corromper el mismo, lo cual permitirá su visibilidad en el futuro con sólo generar alguna hoja de estilo que así lo permita.

10. ¿La imagen destacada del artículo o cualquier otra imagen, puede ser un GIF animado?

Sí es posible subir archivos GIF como imagen destacada del artículo. El único requisito es que sea su tamaño sea exactamente de 382×100 pixeles.

11. ¿Para qué se usa el botón Información adicional de la pestaña <datos del artículo/>?

Es una etiqueta que permite marcar información que no está considerada para ser contenida en alguna otra etiqueta. Por ejemplo, cuando se incluye información sobre cómo citar, sobre la clasificación JEL de un artículo de economía, etc.

12. ¿Puede haber más de una “Información Adicional” en el artículo?

Sí.

13. ¿Cuál PDF va a publicar Redalyc, el generado por la revista o el que se genera a partir del XML JATS?

El PDF que el editor decida que va a publicar, ya que Marcalyc permite subir el PDF de la revista o generar un PDF a partir de la marcación. Actualmente se tienen disponibles 2 plantillas: Riga y Upsala.

14. ¿A qué números publicados por la revista es obligatorio generarle los XML JATS?

Redalyc les pide a los editores el compromiso de generar los XML JATS de al menos los números publicados desde el 2016. A partir de enero de 2018, es obligatorio que las revistas migren al modelo de publicación basado en el XML JATS; ya sea que marquen usando Marcalyc o que envíen los XML JATS que la revista haya generando usando otras aplicaciones. En este último caso, el requisito es que dichos archivos pasen el validador del estándar JATS (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/xmlchecker/).

15. ¿Cuántos niveles de secciones y subsecciones se pueden marcar usando Marcalyc?

No hay límite, se pueden marcar tantos niveles de secciones tenga el artículo.

16. ¿Cuántas afiliaciones se pueden marcar para un autor?

No hay límite.

17. ¿Siempre se debe editar el número que se va a marcar?

Solo para aquellos números que ya estaban publicados en Redalyc. Y se editan una vez al iniciar su marcación.

18. ¿Qué norma de citación debo seleccionar, si la que usa mi revista no aparece en la lista de valores?

La recomendación es probar con las diferentes normas de citación de la lista, buscando aquella que más se asemeje en la forma de presentar los nombres de los autores y el año de cada referencia, ya que esto le permite a Marcalyc inferir estos datos y por lo tanto se reduce el tiempo de marcación. Si selecciona la opción NINGUNO, deberá separar y marcar manualmente cada una de las referencias.

19. ¿Es obligatorio utilizar el asistente de inferencias de Marcalyc?

No. En la versión actual de Marcalyc se permite realizar la marcación sin usar el asistente de inferencias. Aunque la recomendación es usar dicho asistente ya que se disminuye considerablemente el tiempo de marcación.

20. ¿El asistente de inferencias para marcar las referencias del artículo sólo trabaja para la norma APA?

No. Se puede utilizar el asistente de inferencias para cualquier otra norma de citación, sólo que la inferencia se hace mucho mejor para la norma APA, en futuras actualizaciones de dicho asistente se irán incluyendo otras normas de citación.

21. ¿Qué debo hacer si agregué un artículo de la revista más de una vez?

Deberá usar la opción Eliminar que se encuentra del lado derecho del título del artículo a borrar.

22. ¿La información inferida automáticamente por Marcalyc se puede modificar?

Sí. La recomendación general es revisar cuidadosamente toda la información inferida por Marcalyc y en caso de existir algún error, debe ser corregido.

23. ¿Las imágenes destacadas de los artículos deben obligatoriamente ser imágenes del artículo?

No precisamente, puede ser cualquier imagen relacionada al artículo. Se sugiere que sean imágenes a color.

24. ¿Se pueden agregar otros fechas del proceso de publicación además de la de recibido y aceptado?

Sí, puede agregar todas las fechas que sean necesarias al activar o seleccionar el cuadro Fechas y usar el botón Fecha que se encuentra en la Barra de etiquetas y atributos.

25. Al marcar una lista ¿se debe agregar elemento por elemento?

No. Del lado izquierdo de Marcalyc, debe seleccionar el cuadro Lista y del lado derecho debe seleccionar la lista completa incluyendo los identificadores de cada elemento, ya sean números, viñetas, letras, entre otros. Marcalyc separará cada elemento e identificará el tipo de lista, como siempre, debe verificar que sea correcta la marcación realizada.

Manual de Usuario Marcalyc

Estimado editor, ponemos a su alcance el Manual de usuario Marcalyc, tecnología Redalyc, con el fin de facilitar su uso en este sistema de marcación XML-JATS.

 

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El desarrollo del Asistente de Inferencias Marcalyc de Redalyc es parte de las acciones que toma Redalyc respecto a su compromiso con la consolidación del Acceso Abierto y la sustentabilidad tecnológica de este movimiento, enriqueciendo el catálogo de productos y servicios que comparte hace más de 17 años. Ofreciendo herramientas tecnológicas sin costo a las revistas científicas se fortalece el ecosistema de comunicación académica no comercial, impulsando la democratización del conocimiento.

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