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XML JATS en Redalyc

Un modelo, miles de editores, múltiples plataformas.

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JATS4R

Redalyc continúa innovando con la herramienta de marcación XML JATS Marcalyc

infografia_marcalycb-02Redalyc continúa innovando con Marcalyc.

El 10 enero de este año se liberó la versión 1.1 que recupera las características de versiones anteriores, y añade nuevas, mejorando la experiencia de marcación para los editores de revistas científicas de acceso abierto.

Entre las nuevas características de la versión 1.1 de Marcalyc, se encuentra el reconocimiento automático de 12 diferentes formatos de citación: APA, AMA, CHICAGO, HARVARD, MLA , VANCOUVER, ASA, IEEE, ABNT, ISO 690 y 690-2 (versión 2007) y NLM.

La versión 1.1 de Marcalyc permite a los editores personalizar sus artículos con una imagen de portada que será visible en la tabla de contenido de cada número. De esta forma se ilustra el contenido del artículo.

Con la finalidad de hacer aún más amigable y sencillo el uso de esta herramienta de marcación, Redalyc ha creado un nuevo sitio de apoyo didáctico a los editores: Marcalyc Ayuda (marcalyc.redalyc.org/ayuda/). Este sitio cuenta con videotutoriales, el manual de usuario de Marcalyc, videos del curso de certificación y un apartado de preguntas frecuentes, además de una recopilación de las características de las versiones anteriores de Marcalyc.

Desde el sitio de apoyo es posible vincularse al blog xmljtasredalyc.org, conocer las vías de soporte en línea y conectarse con las redes sociales de Redalyc.

Marcalyc Ayuda refuerza las capacitaciones personalizadas a editores que se han llevado a cabo desde el pasado septiembre.

Marcalyc, liberada el 1 de septiembre de 2016, es una herramienta de marcación XML JATS, servicio gratuito para los editores de revistas indizadas en redalyc.org. Además, es compatible con la recomendación JATS4R.

Redalyc prevé la adhesión de nuevas características a esta herramienta para versiones futuras.

Redalyc 3.0. Un modelo, miles de editores, múltiples plataformas 

Segundo Curso de certificación: El nuevo modelo de publicación electrónica y Redalyc 3.0: marcación XML JATS

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El 24 de noviembre se efectuó la primera sesión del segundo curso web de certificación XML JATS impartido por Redalyc, durante la cual Arianna Becerril y Salvador Chávez, Directora de Tecnología e Innovación y Director de Documentación y Contenido de Redalyc, respectivamente, describieron los antecedentes y conceptos básicos del meta-lenguaje XML y explicaron la importancia de su uso, la estructura de un archivo JATS, su interoperabilidad, el orden del proceso de marcación, las ventajas del estándar XML JATS y el desarrollo de la herramienta Marcalyc por parte del Sistema de Información Científica Redalyc.

En dicha sesión se hizo referencia a los productos derivados de la marcación con Marcalyc, a saber: el visor inteligente, un visor móvil, los formatos ePUB, PDF, HTML, XML JATS4r y XML SciELO, así como el nuevo home de revistas en Redalyc; y se detallaron las alternativas de adopción del XML JATS en dicho sistema de información.

Durante la sesión y en la parte final de ésta se respondieron las preguntas formuladas por los participantes, las cuales versaron principalmente sobre la compatibilidad de los XML JATS manejados por SciELO y Redalyc, la interacción entre OJS y XML JATS y los estilos de citación que reconoce la herramienta Marcalyc.

En la sesión participaron 168 personas adscritas a 107 instituciones de 14 países. El curso concluirá mañana con una sesión práctica sobre el uso de Marcalyc.

Manual de usuario Marcalyc

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Estimado editor, Redalyc pone a su alcance el Manual de usuario Marcalyc, tecnología Redalyc, con el fin de hacer más cómodo su uso con este nuevo sistema.

 

 

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Agosto 18, 2016: 3ª sesión del Curso de Certificación en XML JATS

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En la tercera sesión del Curso de Certificación: El nuevo modelo de publicación electrónica y Redalyc 3.0: Marcación XML JATS, celebrada el 18 de agosto, se efectuó un análisis pormenorizado del Marcalyc, la herramienta de marcación generada por Redalyc, con objeto de que las 675personas (de 21 países) que se conectaron a la sesión web se familiarizaran con los módulos, secciones, atributos y etiquetas que componen este sistema y conocieran, paso a paso, el procedimiento para efectuar la marcación de un artículo.

 

Previo a la explicación gráfica del funcionamiento del Marcalyc, la doctora Arianna Becerril, Directora de Tecnología e Innovación de Redalyc, anunció que la versión beta de dicha herramienta se liberará el 1° de septiembre y precisó que ese lanzamiento es el resultado del trabajo realizado durante un año por un equipo de aproximadamente 20 personas, entre las que se encuentran Fernando Rodríguez, Coordinador del Índice de Revistas Venezolanas, Revencyt, de la Universidad de Los Andes, Venezuela y la maestra Eliana Guzmán, profesora de dicha universidad. Agregó que Marcalyc, que funciona en un ambiente web, proporciona una forma de marcar artículos bastante sencilla y reiteró que el uso de esta herramienta no demanda conocimientos técnicos, ya que quien realice el proceso no necesita conocer las más de 260 etiquetas que se encuentran ͞entre bastidores.

 

La doctora Becerril comentó que la marcación de las referencias es la tarea más laboriosa, por lo que hizo hincapié en la necesidad de que las revistas observen cabalmente las normas de citación que adopten, a fin de facilitar este proceso. Dicho lo anterior, Fernando Rodríguez explicó el funcionamiento de Marcalyc, para lo cual utilizó un artículo de la revista Diversitas: Perspectivas en Psicología, de la Universidad Santo Tomás, Colombia, dado que ésta observa un adecuado proceso de citación con base en el formato APA, lo que le permitió al sistema efectuar un proceso de inferencia adecuado.

 

En esta sesión se reiteró que la marcación debe observar una secuencia lógica (primero se trabaja el front, posteriormente el back y finalmente el body), a fin de posibilitar los enlaces a las referencias y a otras secciones marcadas previamente y que, a su vez, esta vinculación de elementos permite que al final del proceso se efectúe una lectura interactiva de un artículo científico, ya sea en una computadora o en un dispositivo móvil. Se explicó que para marcar los elementos de un artículo sólo se debe efectuar una operación simple: seleccionar-soltar, ya que el sistema trasladará el elemento seleccionado a la caja correspondiente. De modo gráfico, se mostró cómo marcar párrafos normales, citas textuales, así como la forma de insertar figuras, gráficos, tablas, ecuaciones y listados, y se aclaró que el sistema permite verificar si se cometieron errores u omisiones durante el proceso.

 

Al terminar la marcación del artículo seleccionado se ejemplificó la experiencia de lectura que permite el visor inteligente y se mostraron los diversos formatos de salida obtenidos (XML, ePub, HTML y PDF). Finalmente, se atendieron algunas preguntas formuladas por los participantes y se recordó que en la cuarta y última sesión del curso se abordarán temas como la comparación de  con las herramientas de otras plataformas, en cuanto a tiempos y costos, y las condiciones establecidas para que los editores puedan utilizar esta herramienta.

Agosto 10, 2016: 2ª sesión del Curso de Certificación en XML JATS

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El 10 de agosto se efectuó la segunda sesión del Curso de Certificación: El nuevo modelo de publicación electrónica y Redalyc 3.0: Marcación XML JATS, la cual se enfocó a explicar qué es y qué no es un XML JATS y a detallar sus antecedentes y ventajas.

Dicha sesión web contó con la participación de 670 personas de 24 países, lo que revela el interés de los editores por adquirir conocimientos sobre esta herramienta. Esta sesión estuvo a cargo de Arianna Becerril García, Directora de Tecnología e Innovación, y de Salvador Chávez Ávila, Director de Documentación y Contenido de Redalyc, quienes, a modo de introducción, analizaron la evolución de la web y de las tecnologías que permiten la comunicación científica, así como el uso de datos inteligentes, para pasar a ubicar al XML en su contexto.

Al respecto, la Dra. Arianna Becerril señaló que la pregunta pertinente en este momento no es si se debe o no migrar hacia el XML sino cómo efectuar dicha migración de la forma más rápida y con el menor costo posible, a fin de recuperar el tiempo perdido y explotar al máximo las ventajas del etiquetado XML en los sitios web de las revistas.

Posteriormente se detallaron las partes o secciones que componen el estándar JATS (front, body y back) y se señaló que Redalyc garantiza que el XML JATS generado por su sistema de marcación (Marcalyc) es interoperable y compatible con el estándar JATS y JATS4R, y que dicho sistema de información científica busca eliminar las barreras para que los archivos en los que ser preserva el contenido científico de las revistas puedan ser reutilizados por otras plataformas.

Finalmente, se respondieron preguntas de los participantes sobre temas como el porcentaje de homologación de las herramientas de marcación de Scielo y Redalyc, los límites de la creación de etiquetas, la reutilización de archivos utilizados por otras plataformas, la marcación de fórmulas matemáticas y las formas de visualización en OJS.

Preguntas frecuentes

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  1.  En el caso de las revistas cuyos artículos se encuentran marcados con XML mediante la indización en las plataformas SciELO o e-Pub, ¿quién será responsable por someterlos a validación?

R: Siempre y cuando sean XML JATS no hace falta realizar ninguna verificación, pues se adaptarán a la plataforma de Redalyc inmediatamente. Cabe aclarar que actualmente sólo SciELO Brasil, SciELO Costa Rica y SciELO México están implementando este estándar, y lo están haciendo con los números publicados de 2015 en adelante. Los XML que se pueden descargar desde los demás sitios SciELO o desde los mencionados, de años anteriores no son XML JATS, por lo que no son compatibles con el estándar asumido.

 

  1. ¿Si estamos en esta plataforma, ya no es necesario utilizar OJS?

R: El Open Journal System (OJS) se concibió como un gestor de los procesos editoriales, que en muchos casos está sirviendo de plataforma de publicación de las revistas con muy buenas prestaciones. La marcación en XML JATS y los productos que de ésta se generan serán implementados en primer lugar en el home de la revista en Redalyc, pero el editor podrá descargarlos y hacer uso de ellos como considere. En el momento en que se puedan implementar en OJS lo podrá hacer directamente (esto dependerá de las actualizaciones del OJS). En ningún caso lo generado con la marcación del XML JATS suplantará los procesos editoriales que administra con OJS.

 

  1. Si contamos con un formato PDF, ¿es necesario que se tenga otro formato en esta nueva etapa?

R: La marcación de artículos científicos utilizando el estándar XML JATS permite la modificación del modelo de publicación, el cual ofrece la posibilidad de generar a partir de ésta los productos de publicación y visibilidad de la revista (PDF, HTML, visor inteligente, ePub). Si se ve como un formato de publicación adicional, no implica en ningún caso un cambio obligatorio, pero no permitiría el aprovechamiento de los recursos tecnológicos que este nuevo proceso favorece. En Redalyc, la implementación de un nuevo home de la revista y la generación de productos derivados sólo se hará a partir de los números de revista marcados bajo XML JATS.

 

  1. ¿El marcado que enviamos a PubMed Central va a servir sin modificaciones adicionales para vuestra plataforma cuando implementéis el XML?

R: Si el XML fue marcado con etiquetas JATS, servirá perfectamente. Sin embargo, para salir de dudas recomendamos remitir a Redalyc un archivo XML del que ya envían a PubMed, a fin de realizar la verificación.

 

  1. ¿Es necesario utilizar un plugin adicional para generar los XML JATS, para las revistas que están en la plataforma OJS?

R: Los desarrolladores de Public Knowledge Project – PKP, creadores del OJS, están realizando su propia herramienta de marcación XML JATS. Hasta el momento no se cuenta con información sobre su integración con la plataforma de OJS. A la fecha no existe este plugin.

 

  1. ¿Por qué no se considerarán a las revistas que cobran APC’S?

R: La filosofía de Redalyc sobre el acceso abierto es muy clara. Los desarrollos tecnológicos y científicos generados con recursos públicos deben ser aprovechados por todos, de forma totalmente gratuita. Redalyc ha desarrollado una herramienta tecnológica para que sea aprovechada por su comunidad de editores y autores colaboradores de las revistas. ¿Por qué entregarle gratuitamente una herramienta a una revista que generará sus productos a través de ésta y cobrará a sus autores por su publicación? En América Latina no existe la tradición de que las revistas científicas cobren a sus colaboradores. Redalyc trabaja en función de una comunidad que cuide y proteja el acceso abierto.

 

  1. ¿La marcación de Redalyc impide o restringe la participación en las marcaciones que tienen otros sistemas, como SciELO?

R: No la impide, ya que los XML JATS generados por los dos sistemas son compatibles. Es una opción que se le ofrece al editor, sobre todo porque la marcación en XML JATS dentro de las redes SciELO sólo se está efectuando en Brasil, México y Costa Rica.

 

  1. ¿La identidad de la revista se conservará con la marcación XML JATS?

R: La marcación XML JATS es un estándar y los productos que de ésta se deriven podrán ser personalizados por cada revista dependiendo de la programación que se realice para tal fin. En el caso del visor de los artículos marcados, de los PDF Redalyc y de los ePub, se hará con una salida estándar por la imposibilidad de realizar una personalización a cada una de las 1,138 revistas indizadas en Redalyc. Si el editor desea personalizar sus formatos de salida en la plataforma Redalyc, puede realizar sus propias hojas de estilo y desarrollos para tal fin o ponerse en contacto con Redalyc para definir una estrategia que permita esta personalización.

 

  1. ¿Por qué seguir usando formatos ePub cuando los dispositivos móviles ya soportan otros formatos?

R: La adaptabilidad de un documento (PDF, por ejemplo) para ser leído en un dispositivo móvil, en algunos casos depende de la aplicación con la que fue creado, o incluso de la aplicación con la que se está leyendo en el dispositivo. Los ePub garantizan su legibilidad y mejor manejo, pues son creados especialmente para ello. En todo caso, es un producto adicional que se le ofrece a los editores de las revistas y al usuario en general.

 

  1. ¿La marcación (XML JATS) que se realizará en los artículos a partir del Marcalyc podrá colgarse en las plataformas OJS?

R: Actualmente el OJS sólo permite la descarga de otros formatos y la lectura en formato HTML tradicional del documento según su configuración. Si se “colgara” un documento XML JATS en su plataforma OJS, el usuario sólo podría descargarlo pero no visualizar su contenido con ningún otro formato. La visualización con un visor inteligente requiere un desarrollo propio integrado para la plataforma que aún no se lleva a cabo por parte del equipo desarrollador del OJS.

 

  1. ¿Cuál es el tiempo de vida de los XML JATS?¿Cuál es la razón de usar XML JATS?

R: Es difícil determinar su vida útil, pero aunque el JATS deje de ser un estándar dentro de unos años (pues su adopción ha sido reciente y con una importante receptividad por los más relevantes sistemas metaeditoriales), la garantía de preservación la otorga el formato XML, que con el paso del tiempo siempre podrá ser adaptado a nuevas metodologías.

 

  1. ¿SciELO aceptará los XML JATS de Redalyc y Redalyc aceptará los XML JATS de SciELO?

R: Los dos sistemas asumen el XML JATS como el estándar de marcación de documentos científicos y los dos colaboran con JATS4R con la finalidad de optimizar el uso de los documentos marcados con este estándar, por lo que se asume que, a pesar de que para ser 100% compatibles haya que realizar una leve adaptación a los archivos -por poseer datos propios de cada sistema-, funciona perfectamente para los dos sistemas. Por lo tanto, Redalyc sí aceptará los XML JATS marcados para SciELO.

 

  1. ¿Cuáles serían los requisitos que deben cumplir las revistas para poder trabajar con la herramienta de marcación Marcalyc y generar los XML JATS?

R: Las revistas deben, en un principio, estar indizadas en Redalyc; ser de acceso abierto; no aplicar la política de APC’s (Cargo por Procesamiento de Artículos, APC por sus siglas en inglés) y haber participado en las cuatro sesiones del webinar de capacitación dictado por Redalyc para obtener la certificación respectiva. El uso de esta herramienta no implica ningún costo para el usuario; es completamente gratuita.

 

  1. Los XML podrán ser usados para otras plataformas como SciELO?

R: Efectivamente, el uso del estándar JATS para la generación del XML y el uso por ambas plataformas (Redalyc y SciELO) de las recomendaciones establecidas por la iniciativa de reutilización del JATS for Reuse (JATS4R) permiten este intercambio sin manipulación adicional por parte del usuario. Por ello, Redalyc desarrolló una exportación automática de sus XML JATS para su uso en SciELO.

 

    15. ¿El editor tendrá parte activa en la marcación de los textos en un trabajo conjunto con Marcalyc o el proceso de marcación en su totalidad será realizado por Marcalyc?

R:Marcalyc es la herramienta desarrollada por Redalyc para que el editor pueda marcar sus archivos en formato XML JATS. Si decide utilizarlo, se le dará una clave de acceso.

 

  1. ¿No tendría valor o importancia la estética de las versiones digitales de las revistas? Pues, si se ilustra, diagrama, etc. las plataformas que sostienen las revistas no soportan el peso de las mismas? ¿Cómo fortalecer este aspecto?

R: La intención del XML es rescatar incluso la estética de las versiones digitales; hablaremos más de este tema en las siguientes dos sesiones.

 

  1. ¿Es posible en la plataforma tener una vista previa antes de publicar, como un tipo borrador?

R: Sí es posible tener una vista previa. El sistema, al finalizar el proceso de marcación satisfactoriamente, permitirá al usuario ver el resultado en un visor inteligente, en formato PDF, en HTML, en ePUB, generados automáticamente a partir de su marcación. En caso de querer realizar algún cambio, podrá acceder al Marcalyc nuevamente, editarlo y generar de nuevo, de forma automática, los productos de visualización de su marcación. Éstos podrán ser descargados inmediatamente por el usuario.

 

  1. ¿Las nuevas revistas que estén postulando a Redalyc tendrán que adoptar desde ya estas politicas de XML JATS?

R: No, Redalyc tiene como estrategia desarrollar esta evolución de su plataforma de forma paulatina y flexible, a medida de las posibilidades de las revistas, pero ofreciendo el apoyo necesario para que se lleve a cabo en todas las revistas indizadas en Redalyc.

 

  1. ¿El XML podrá exportarse de manera que sea 100% compatible con los estándares para este tipo de archivos que está manejando SciELO-México?

R: SciELO hace parte de la iniciativa JATS4R en la que Redalyc también colabora. Esto permite el reúso de los XML JATS por distintas plataformas que manejan el mismo estándar. Por lo tanto, los XML JATS generados por la herramienta Marcalyc podrán ser utilizados por SciELO México. Al momento de generar este XML JATS, el sistema permite exportarlo con las características que SciELO requiere para su utilización.

 

  1. ¿Existirán plantillas genéricas para la maquetación o se podrá ajustar la maquetación que ya posee la revista?

R: Excelente pregunta. Existen diversas plantillas que Redalyc ofrecerá a los editores, pero el sistema soporta otras maquetaciones. Estos detalles los veremos en las siguientes sesiones.

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Recomendaciones del JATS4R

Se sabe que el estándar JATS permite que un mismo contenido pueda ser marcado de diferentes maneras, siendo todas válidas, lo que dificulta la interoperabilidad perfecta. Por tal motivo, los propósitos de las recomendaciones del JAT4R son:

  • Hacer reusable las partes claves de un archivo XML JATS para que las computadoras, y también las personas, puedan procesar, intercambiar, almacenar y recuperar eficientemente el contenido de los artículos científicos.
  • Minimizar las barreras para que los contenidos sean reusados por los sistemas que los publican, tales como plataformas, bibliotecas, repositorios, agregadores y catálogos digitales.

Las recomendaciones actuales del JATS4R se centran en el uso de las etiquetas para la marcación de algunas partes específicas de los archivos XML JATS (http://jats4r.org/recommendations/), tales como:

  1. Recomendaciones generales: para la configuración general del archivo XML, específicamente en la declaración de la DTD, DOCTYPE, ?XML-MODEL y codificación de caracteres.
  2. Referencias: recomendaciones sobre el uso de etiquetas en la marcación de las referencias. Vale la pena mencionar que sólo se recomienda el uso de dos tipos de referencias, revista (journal) y libro (book). No se recomienda usar el tipo “otro” (other).
  3. Referencia de un conjunto de datos (Data citations): cuando se contempla el uso de este tipo de referencia, se hacen recomendaciones sobre la forma de marcarla, las cuales incluyen: el tipo de autor, el tipo de referencia, la forma de marcar el año, versión de los datos, entre otras.
  4. Marcación de fórmulas o ecuaciones (Math): se recomienda marcar las ecuaciones o fórmulas de forma detallada usando las etiquetas <text-math> o <mml:math>, además de incluir la imagen usando la etiqueta <graphic>. No se deben marcar sólo como imagen.
  5. Permisos: recomendaciones sobre el uso de las licencias y copyright en el artículo completo o en partes del artículo, como por ejemplo las figuras. Cuando se usa una licencia Creative Commons se recomienda incluir el URI completo de la licencia, como por ejemplo <license xlink:href=”https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ ” >.

Para verificar el cumplimiento de las recomendaciones del JATS4R, se debe usar el validador que está disponible en su página web (http://jats4r.org/validator/).

Redalyc se suma a XML JATS4R (JATS for Reuse). Para Redalyc es fundamental la reutillización de los archivos XML JATS, tanto como insumo, para poder aprovechar los XML JATS con los que ya cuente la revista, como para compartir con otras plataformas los que se generarán con el sistema Marcalyc de Redalyc. En el caso de las revistas que cuenten con artículos marcados con XML, derivados de la indización en plataformas como PubMed o SciELO, éstos podrán ser reutilizados después de ser sometidos a un proceso de validación, el cual se puede efectuar en el siguiente enlace:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/xmlchecker/

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