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XML JATS en Redalyc

Un modelo, miles de editores, múltiples plataformas.

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Redalyc 3.0

Agosto 4, 2016: 1ª sesión del Curso de Certificación en XML JATS

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El 4 de agosto se efectuó la primera de cuatro sesiones del curso web de certificación XML JATS.

Dicho curso tiene el propósito de dar a conocer a los editores las ventajas de este sistema de marcación, las fases de su desarrollo, los modelos de marcadores con las herramientas disponibles en América Latina y la forma de marcar un texto en XML JATS.

En esta primera sesión, en la que participaron 665 personas, adscritas a 330 instituciones de 23 países, Eduardo Aguado, Arianna Becerril y Salvador Chávez, Director General, Directora de Tecnología e Innovación y Director de Documentación y Contenido de Redalyc, respectivamente, explicaron que el objetivo de sumarse a este estándar internacional es empoderar a los editores y a la comunicación científica de la región, así como garantizar un acceso abierto no comercial, sustentable y competitivo.

En la sesión también se abordaron temas como las nuevas condiciones de la comunicación electrónica, la pérdida de identidad de las revistas y las particularidades de la publicación continua. El doctor Aguado señaló que muchas revistas electrónicas no han sabido aprovechar los avances tecnológicos y se han convertido solamente en un clon de sus versiones impresas.

Al respecto, se indicó que el hecho de sumarse a XML JATS permitirá aprovechar al máximo las ventajas de la edición electrónica con objeto de posicionar a la publicaciones, recuperar la belleza, eficiencia e identidad de las revistas impresas en el ámbito digital, potenciar el papel de la multimedia para pasar de la lectura lineal que se efectuaba mediante el PDF a una lectura hipertextual y de esta forma nutrir el discurso científico de la región.

Durante la sesión y en la parte final de ésta se formularon 376 preguntas, las cuales versaron, entre otros, sobre los siguientes temas: ¿son compatibles los XML JATS manejados por Scielo y Redalyc?, ¿el OJS responde a las necesidades de los nuevos sistemas de publicación?, ¿XML JATS permite preservar la información? Cabe señalar que muchas de las preguntas formuladas se refieren a aspectos técnicos, los cuales serán abordados en las sesiones del miércoles 10, jueves 18 y jueves 25 del presente mes.

#Marcalyc, tecnología desarrollada para empoderar a los editores de revistas científicas en acceso abierto

La estrategia de Redalyc se basa en la profesionalización de los editores, proporcionando herramientas y conocimientos para hacer del etiquetado XML un proceso sostenible.

Redalyc lanza una nueva herramienta en línea para el etiquetado de XML JATS (Marcalyc) compatible con la recomendación JATS4R, como un servicio gratuito para las revistas de acceso abierto indizadas por Redalyc, una herramienta que no está diseñada para ser utilizada por expertos técnicos o programadores.

Con el uso de esta herramienta, no será necesario que los editores, e incluso los autores, tengan conocimientos avanzados en programación. El diseño y uso de Marcalyc es amigable e intuitivo.

Quienes integran Redalyc, y están al frente de este gran proyecto, ofrecerán las herramientas necesarias a los editores para que el proceso editorial sea más eficiente. Sabemos que solo de la mano con los #EditoresRedalyc, la publicación científica en nuestra región se posicionará como la mejor.

El esperado lanzamiento está previsto para el 1 de septiembre. Ese día, los editores de revistas Redalyc que hayan atendido las cuatro sesiones del Curso de Certificación: El nuevo modelo de publicación electrónica y Redalyc 3.o: Marcación XML JATS, podrán hacer uso, con la guía y el soporte que requieran, del sistema Marcalyc.

Un modelo, miles de editores, múltiples plataformas

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En respuesta a la declaración de los Editores Científicos de Chile, con la que se reconoce la importancia del protocolo XML JATS (Journal Article Tag Suite), la Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe, España y Portugal (Redalyc) manifiesta:

Respecto a la Declaración de los Editores Científicos de Chile (véase http://www.editorescientificos.cl/), con la que se reconoce la importancia del protocolo XML JATS (Journal Article Tag Suite), lo que sin duda permitirá el fortalecimiento de los editores y de la comunicación científica regional, la Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe, España y Portugal (Redalyc) manifiesta lo siguiente:

Este sistema de información científica tomó la decisión de sumarse al estándar internacional JATS basado en XML en septiembre de 2015 e inmediatamente se lo comunicó a Scielo. Derivado de lo anterior, ambas instituciones sostuvieron una reunión en México la primera semana de octubre, en la cual Scielo explicó su proceso de etiquetado XML.

A partir de entonces se observó que el proceso de marcación Scielo, el cual demanda una alta especialización técnica por parte de las revistas, ha propiciado en muchos casos que los editores tercericen el proceso a empresas subcontratistas, poniendo en entredicho la sustentabilidad del Acceso Abierto.

Por ello Redalyc, desde entonces, trabajó para desarrollar una herramienta de marcación diseñada para usuarios no expertos en JATS ni en XML, que no demanda procesos de instalación -ya que es web- y cuya operación en línea, actualización, procesamiento y almacenamiento estarán provistos y subsidiados por Redalyc, hasta donde los recursos económicos de este sistema de información científica alcancen o se piense en un proyecto. Con ello, Redalyc habilita al editor para realizar los procesos con su equipo editorial y así evitar costos de tercerización.

La herramienta Marcalyc, generada por Redalyc, se liberará en su versión beta el 1 de septiembre del presente año y se espera que sirva para fortalecer el Acceso Abierto en la región. Los archivos XML resultantes de esta herramienta estarán además cumpliendo una especificación adicional JATS4R (JATS for Reuse), para garantizar la interoperabilidad entre plataformas. JATS4R es una recomendación construida como un acuerdo de diversos sistemas, entre los que se encuentran PubMed, eLife, PLOS y Scielo, por lo que se considera que los editores no deberán preocuparse por reutilizar sus XML con Scielo o con Redalyc, si ambos se sujetan a acuerdos de interoperabilidad como JATS4R. Además, Redalyc ya está listo para recibir los XML procesados con el modelo Scielo.

Como es natural, Redalyc ha estado comparando la herramienta de Scielo con Marcalyc, y los primeros resultados, que deben ser corroborados en diversas circunstancias y con diferentes formatos de revista, muestran una disminución en el tiempo del procesamiento de artículos de 20% y ésta puede llegar a 50%. De ser corroborados estos resultados y si los editores confirman un manejo más amigable, se puede pensar que se está en posibilidad de que las revistas de la región se fortalezcan, revistas Scielo y Redalyc, sin duda.

Todavía es temprano para celebrar, aunque Redalyc está satisfecho con los resultados y las mejoras en las salidas semiautomáticas, visores inteligentes, PDF, ePUB y HTML.

Pronto Redalyc mostrará esta herramienta al equipo Scielo a fin de determinar las compatibilidades y diferencias. Asimismo, se buscará generar una agenda con objeto de lograr la mayor compatibilidad y transparencia entre herramientas.

Clacso, Latindex, La Referencia, Scielo, Redalyc y otras plataformas y proyectos están convocados a platicar en Montevideo, Uruguay, del 6 al 9 de septiembre, en el marco del CILAC, Foro Abierto de Ciencias. Latinoamérica y Caribe, en donde se podrá generar una agenda del trabajo futuro.

¿Qué es JATS?

JATS (Journal Article Tag Suite) se trata de un estándar técnico, una iniciativa que define un formato XML para describir estructura, semántica y metadatos para contenido digital científico.

Provee de un conjunto de elementos y atributos XML para describir contenido gráfico y de texto de artículos de revista.

JATS es un estándar técnico basado en la Organización Nacional de Estándares de Información (NISO) actualmente en la versión Z39.96 2012 (NISO JATS 1.0).

¿Dónde surge JATS?

  • Años 60’s: Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos (NLM) creó una base de datos de citación de revistas médicas conocida como MEDLINE.
  • 1996: Se creó PubMed, un motor de búsqueda de libre acceso a MEDLINE.
  • 2000: Surge PubMed Central (PMC), repositorio digital desarrollado por el Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI), que almacena artículos académicos a texto completo de las revistas biomédicas y de ciencias biológicas de la NLM.
  • 2003 – 2008: NLM introduce 3 versiones del estándar de facto NLM DTD, desde la versión v1.0 a la v3.0.
  • 2012: NISO (National Information Standards Organization) introduce JATS v1.0 como la adaptación de NLM DTD v3.1, convirtiéndose en el estándar XML para marcaje de artículos de revista de publicaciones académicas.

 

Estructura de un archivo JATS

Front. Contiene los metadatos del artículo (título del artículo, revista en la que se publica, fecha, tipo de publicación, copyright, etc. es información bibliográfica del artículo y la revista en la que es publicado.

Body. Es el principal contenido textual y grafico del artículo. Consiste en párrafos y secciones, que pueden incluir figuras, tablas, citas, etc.

Back. Contiene información que auxilia al texto principal, como es el glosario, apéndice, y listado de referencia bibliográfica

Encuentra aquí la especificación completa https://jats.nlm.nih.gov

Preguntas frecuentes acerca de JATS https://jats.nlm.nih.gov/faq.html

¿Te perdiste el primer webinar? aquí el video

XML JATS en Redalyc

Redalyc ha emprendido una transición y se suma al estándar XML JATS, bajo la especificación JATS4R, lenguaje de metamarcado con reglas simples, que provee de un método uniforme para describir e intercambiar datos estructurados. Esta transición será paulatina y flexible.

Redalyc se suma a XML JATS4R (JATS for Reuse). Para Redalyc es fundamental la reutillización de los archivos XML JATS, tanto como insumo, para poder aprovechar los XML JATS con los que ya cuente la revista, como para compartir con otras plataformas los que se generarán con el sistema Marcalycde Redalyc. En el caso de las revistas que cuenten con artículos marcados con XML, derivados de la indización en plataformas como PubMed o SciELO, éstos podrán ser reutilizados después de ser sometidos a un proceso de validación, el cual se puede efectuar en el siguiente enlace:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/xmlchecker/

  • En los casos en los que las revistas no cuenten con su material en formato XML, Redalyc pondrá a su disposición, sin costo alguno, una herramienta tecnológica para su generación, así como capacitación y asesoría continua en el proceso de marcación:
  • El 4 de agosto, Redalyc iniciará la impartición de un curso de certificación XML JATS, compuesto por cuatro módulos, a fin de dar a conocer a los editores las ventajas de este sistema de marcación, cada una de las fases de su desarrollo, los modelos de marcadores con las herramientas disponibles en América Latina (Annotum, Scielo y Marcalyc) y la forma de marcar un texto en XML JATS. Al finalizar este curso, los participantes que lo soliciten recibirán una clave de acceso para que puedan hacer uso de Marcalyc en los términos que se indicarán durante las sesiones. En el siguiente enlace usted podrá efectuar el registro correspondiente al curso que se menciona:

https://attendee.gotowebinar.com/register/9160206569091767555

  • El curso de certificación XML JATS consta de cuatro sesiones, las cuales se efectuarán en las siguientes fechas: jueves 4, miércoles 10, jueves 18 y jueves 25 de agosto de 2016, a las 11:00 horas CDT. La fecha límite de inscripción es el 2 de agosto. Los participantes que atiendan a las cuatro sesiones recibirán el certificado respectivo.

Cabe señalar algunos de los beneficios del estándar XML JATS:

  • Otorga mayor visibilidad a cada artículo en la web.
  • Permite la indización y recuperación del texto completo de un documento.
  • Proporciona la generación automática de diversos formatos de salida (HTML, PDF, ePUB).
  • Posibilita la impresión con el formato de la revista.
  • Garantiza la preservación digital.
  • Hace posible el aprovechamiento de visores y lectores multiplataforma.
  • Permite retomar el control del proceso y de los productos editoriales.
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